Dès l'Antiquité, soit environ au IVe millénaire av. J.-C. (-3500, -3000) en Égypte, en Grèce et à Rome, des pains furent préparés avec du miel.

Le pain d'épices connu actuellement est d'origine chinoise : le mi-kong (littérallement : pain de miel Â») était un pain de froment ( l’espèce la plus importante de blé cultivé ) au miel et cuit au four. Il est connu à partir du X siècle. Au XIIIe siècle, des documents montrent qu'il fait partie de la nourriture des troupes de Gengis Khan le premier empereur mongol.

Les Européens d'Occident le découvrent au Moyen Âge pendant les croisades auprès des populations arabes. En Europe, il devient une pâtisserie qui a complété la réputation gastronomique de plusieurs villes comme Dijon et Reims en France.

En 1452, le Duc Philippe le Bon médiatise encore ce produit en le rapportant de Flandre. En 1596, Henri IV donne un statut à la corporation des pains d’épiciers.
C’est seulement en 1711 à Dijon que le premier pain d’épicier fut reconnu.
Pendant longtemps, la tradition voulait que du pain d’épices soit offert aux personnes de qualité qui traversaient la ville. C’est ainsi, à l’occasion du mariage de Louis XV à Fontainebleau en 1725, que Marie Antoinette, Madame Bonaparte, Marie Louise, et d’autres personnalités eurent le plaisir de recevoir ce présent.

Dans les pays célébrant saint Nicolas, le pain d'épices est le gâteau de fête, et les pâtissiers lui donnent des formes diverses. De telles pâtisseries, connues en anglais sous le nom de gingerbread, sont plus dures et compactes que ce que l'on connaît habituellement en France sous le nom de pain d'épices.

Suite aux deux guerres mondiales la production chute. En 1940 25 tonnes de pain d’épices étaient produites chaque jour par 14 fabriques. Or, en 1956 on n’en comptait plus que 14 tonnes.